Красноярская судоверфь была построена в 1929 году. Она началась с нескольких деревянных построек на левом берегу Енисея в районе Коммунального моста, но затем производство перенесли на остров Пашенный.Первой продукцией предприятия стали деревянные лодки и самоходные суда малой грузоподъемности. В основном судоверфь обеспечивала лесную промышленность Красноярского края транспортом для сплава древесины.

К началу Великой Отечественной войны судоверфь производила разные типы судов: глиссеры, буксирные катера, катера-трамваи, аэросани, самоходные плашкоуты для переправы через Енисей и другие – все спускали на воду вручную. С начала работы и вплоть до войны предприятие построило около 350 судов. В 1941 году судоверфь стала собирать военные катера. Уже в следующем году здесь выпускали до 40 судов в год. Несколько из них вошли в состав 19-ого дивизиона минных тральщиков, участвовавшего в боях на Черном море, Днепре и Дунае.

После войны предприятие продолжило строить буксирные катера и полуглиссеры, которые обслуживали реки по всей стране. В 1950-е годы судоверфь значительно продвинулась вперед: началось производство цельнометаллических судов и судов с водометным движителем, проще говоря, с водяным насосом, обеспечивающим движение. Они превосходили предыдущие модели по осадке, маневренности, тяговым и эксплуатационным характеристикам. Вскоре, в 1955 году, на предприятии перестали использовать деревяные корпуса, а уже в 1957 году на воду спустили в общей сложности 361 судно с водометным движителем.

В 1958 году судоверфь стала частью Енисейского речного пароходства. На сегодняшний день это одна из крупнейших судоходных компаний России и основной грузоперевозчик по Енисею и его притокам – рекам Абакан, Ангара, Большой Пит, Нижняя Тунгуска, Подкаменная Тунгуска и другим. В том же году на предприятии начали выпускать сухогрузные суда, танкеры, рефрижераторы, плавмагазины и баржи грузоподьемностью в несколько тонн, буксиры-толкачи и железнодорожные понтоны – водную технику отправляли на Амур, Волгу, Обь, Лену, Каму и другие реки, а также экспортировали за рубеж – в Болгарию, Монголию, Вьетнам.

После модернизации предприятие привлекло к работе новых специалистов – инженеров-проектировщиков, электросварщиков и газорезчиков. В этот период изготовление одного судна занимало в среднем три дня. Масштабная реконструкция помещений, строительство цехов и обновление оборудования пришлось на 1950-1960-е годы. Тогда судоверфь занимала около 25 га. На Пашенном провели три ветки для железнодорожного транспорта, проложили грунтовые дороги и зимние пути для саней.

В последующие годы судоверфь осваивала производство все новых типов транспорта. К концу 1990-х умельцы изготавливали самоходные головные паромы с двумя металлическими гребными колесами на корме и первый плавучий причал с подъемным краном. В 1994 году статус Красноярской судоверфи изменился: она стала дочерним предприятием Енисейского речного пароходства. С 1950-х и вплоть до начала нового тысячелетия работники судоверфи построили около 3000 судов.

Один из самых интересных проектов в истории предприятия – грузопассажирское судно с краном и аппарелью, пригодное для эксплуатации на Таймыре. Строительство началось в 1994 году и продлилось год. В плавсредстве оборудовали 25 пассажирских кают и палубу для багажа и техники, вмещающей 50 тонн груза.

С середины 1990-х на предприятии продолжали разрабатывать новые, технически более сложные суда, в том числе для освоения Севера. В 2010-х планировалось осваивать туристическую отрасль, однако в конце этого периода Красноярская судоверфь прекратила свое существование. Часть работников и оборудования перешли Красноярскому судоремонтному центру.